肩こりの原因が睡眠不足（寝だめしても、認知能力の低下を防ぐことはできませんから、なるべく毎日きちんと睡眠時間を確保するべきです）という可能性もあるでしょう。
睡眠不足で肩こりが悪化して、さらに辛い症状（自覚できるような異変は何も起こらずに進行してしまっていることもありがちなことです）を伴うので注意が必要でしょう。
なにしろ、睡眠不足だと体の疲れをとる事が出来ませんからね。体の疲労というのは、眠っている時に回復しますから、眠らないといつまで経っても疲労はとれません。
疲労が蓄積されると血流が悪くなることから、肩こり（長時間同じ姿勢を取り続けることで筋肉が疲労して起こったりします）を発症させます。
逆にいうとちゃんと睡眠をとっていれば、疲労が蓄積されてづらいので、肩こり（頭痛や腰痛などを伴うことあります）の悪化を防げるのです。
また、睡眠不足は自律神経（上手く機能しないと、全身に深刻な不調が発症します）のバランスを崩す恐れがあります。
自律神経（交感神経系と副交感神経系からなっています）のバランスが崩れると血管が収縮され、血液の流れが悪くなり、肩こりを悪くしてしまうわけです。
筋肉の疲労を解消させたり、自律神経のバランスを乱さないためには、しっかりと睡眠時間を確保する必要がありますね。
もし、どうしても十分な睡眠時間を確保できない場合は10分や二十分でも良いので、可能なら昼寝（昼食後に短時間仮眠をとることです）をしましょう。
その程度の昼寝でも疲労回復に効果を発揮してくれますからね。
